房地合一持有期間原則上自「土地取得日」起至「交易日」止，土地取得日和交易日，原則上除法律有特別規定之情形外，均以地政機關之「登記完成日」為準。持有期間的計算在房地合一的稅率上會有很大的差別，原則上持有期間越長，稅率越低，對於納稅義務人越有利。
然而，在某些特殊情形，法律規定可以與前一位所有權人合併計算房地持有期間，藉以達成適用較低稅率的效果。在《房地合一課徵所得稅申報作業要點》第5點規定，因繼承或受遺贈取得、夫妻贈與、自住房屋自地自建或合建分屋等三種情形，得以合併計算取得期間。
該要點第5點第1款規定：「個人因繼承、受遺贈取得房屋、土地，得將被繼承人、遺贈人持有期間合併計算。但依本法第四條之五第一項第一款規定計算持有期間，得併計之期間，應以被繼承人、遺贈人或其配偶、未成年子女已於該房屋辦竣戶籍登記並居住，且無出租、供營業或執行業務使用為限。」因繼承或受遺贈取得者，因為並非屬於惡意炒房的行為，是不得已而自然發生，因此讓其持有期間能與被繼承人合併計算。但須注意，如果要主張自住滿六年的免稅額，仍以辦竣戶籍登記且無出租、營業的情形為限。
該要點第5點第2款規定：「個人取自其配偶贈與之房屋、土地，得將配偶持有期間合併計算。但依本法第四條之五第一項第一款規定計算持有期間，得併計之期間，應以個人或其配偶、未成年子女已於該房屋辦竣戶籍登記並居住，且無出租、供營業或執行業務使用為限。」依據《遺產及贈與稅法》，夫妻間贈與房產免稅，而考量我國民情，夫妻間相互贈與房產是人之常情，若於贈與之後出售，反而因為持有期間變短而不能適用較優惠的稅率，並不合理，因此給予其合併期間計算。
該要點第5點第3款規定：「個人拆除自住房屋自地自建或與營利事業合建分屋，出售該自建或取得之房屋，依本法第四條之五第一項第一款規定計算持有期間，得將拆除之自住房屋持有期間合併計算，得併計之期間，應以個人或其配偶、未成年子女已於該房屋辦竣戶籍登記並居住，且無出租、供營業或執行業務使用為限。」房子舊了，總是要翻修或與建商合建蓋新房，但若因為改建之後，持有期間重新計算，出售時適用較高稅率，並不公平，不利於房屋改建，因此規定該情形可以合併計算持有期間。
納稅義務人應該注意房地合一持有期間合併計算的規定，並且在出售房地前先計算房地持有期間，持有期間的差別與稅率息息相關，不過持有期間長，土地增值稅也可能相對提高，納稅義務人應該衡量各方面因素，再決定何時出售較為節稅。
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