所謂「房地合一稅」，事實上是「財產交易所得稅」的一種，過去出售房地，僅就房屋的部分課徵所得稅，併入綜合所得稅依年度申報繳納；而「房地合一稅」實施之後，則針對交易之實際利得，課徵房地交易所得稅。
根據《所得稅法》第14條之4第1項規定：「第四條之四規定之個人房屋、土地交易所得或損失之計算，其為出價取得者，以交易時之成交價額減除原始取得成本，與因取得、改良及移轉而支付之費用後之餘額為所得額；其為繼承或受贈取得者，以交易時之成交價額減除繼承或受贈時之房屋評定現值及公告土地現值按政府發布之消費者物價指數調整後之價值，與因取得、改良及移轉而支付之費用後之餘額為所得額。但依土地稅法規定繳納之土地增值稅，不得列為成本費用。」簡而言之，就是以內政部「實價登錄」的金額為基準，成交價扣除取得成本之所得，再扣除費用後的金額為「所得額」；如果是繼承或受贈而取得，因為沒有實價，因此改用申報遺產或贈與稅時的「土地公告現值」加上「房屋評定現值」作為取得成本（由此可知，在房地合一實施之後，繼承或受贈取得房地，將來在出售時，由於取得成本計算上較低，會被課徵較高的房地合一稅，較不利於納稅義務人）。
同條第3項規定：「個人依前二項規定計算之房屋、土地交易所得，減除當次交易依土地稅法規定計算之土地漲價總數額後之餘額，不併計綜合所得總額，按下列規定稅率計算應納稅額……」也就是說，計算出「所得額」之後，還要再扣除土地公告現值的漲價總數額之後，再依不同情形適用不同稅率，獨立申報繳納。
計算房地合一房地交易稅之公式如下：
（出售價格－取得成本－改良費用－土地漲價總數額）×稅率
而稅率方面，先區分是否居住於中華民國而定。非居住於中華民國境內者於房地持有一年內出售，稅率為45%；一年後出售，稅率為35%。而居住於中華民國境內之個人，則按照房地持有期間，一年內為45%、一年以上未滿二年為35%、二年以上未滿十年為20%、超過十年則為15%。
例如：小明為居住中華民國的中華民國人民，在民國105年1月1日以新台幣500萬元購入一屋，期間花費新台幣25萬元裝潢，如民國105年12月1日以新台幣1000萬元出售，必須課徵新台幣（1000萬元－500萬元－25萬元）×45%的房地合一稅共計新台幣213.75萬元；但倘若其選擇在民國106年1月1日以同樣價格出售，同時該年度土地公告現值共上漲新台幣50萬元，其房地合一稅則應為（1000萬元－500萬元－25萬元－50萬元）×35%，計新台幣148.75萬元，另外須繳土地增值稅10萬元（土增稅稅率設定為20%），但仍較一年內出售的情形節稅。
而須注意的是，同條第2項規定：「個人房屋、土地交易損失，得自交易日以後三年內之房屋、土地交易所得減除之。」因此，如果其他新制房地產交易有虧損的情形，例如：出售A屋虧損200萬元，隔年又出售B屋獲利200萬元，其200萬元之所得，可以全數主張減除，而不用繳納房地合一稅。
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